Ο Ηλίας Κώτσιος ξεκίνησε την καριέρα του στον Ηρακλή Λάρισας και την καλοκαιρινή μεταγραφική περίοδο του 1997 έγινε ποδοσφαιριστής του ΟΦΗ.
Κάνοντας εξαιρετικές εμφανίσεις με τους Κρητικούς και μένοντας μια 7ετία στο νησί ήρθε η ευκαιρία του να κάνει το μεγάλο βήμα στην καριέρα του, έτσι ο Παναθηναϊκός τον Ιανουάριο του 2004 τον ντύνει στα πράσινα για να συμπληρώσει την 4αδα στο κέντρο της άμυνας, έχοντας ήδη τους Κυργιάκο, Γκούμα και Νασίφ Μόρις.
Έμεινε 3,5 χρόνια στους πράσινους (μέχρι το καλοκαίρι του 2007),
αγωνίστηκε σε Champions League και Uefa Cup, αγωνίστηκε συνολικά σε 60 παιχνίδια, σκόραρε 3 γκολ κέρδισε το νταμπλ του 2004 και ύστερα αποχώρησε για να επαναπατριστεί στην Λάρισα, αυτή την φορά για λογαριασμό της ΑΕΛ.
Στους Βυσσινί έμεινε 2 χρόνια και ύστερα από περάσματα σε ΑΕΛΚ, Λεβαδειακό και ΠΑΣ Γιάννενα.
Κρέμασε τα παπούτσια του το 2017 στην ομάδα που αγάπησε και τον αγάπησε όσο καμία, στον ΟΦΗ.
Συνολικά στο Ελληνικό πρωτάθλημα αγωνίστηκε σε 290 ματς και σκόραρε 20 γκολ.
Υπήρξε μια ήρεμη δύναμη μέσα στον αγωνιστικό χώρο και το με ήθος του κέρδισε τον σεβασμό όλων.
Ο Ηλίας Κώτσιος σήμερα έχει γενέθλια και γίνεται 46.
